Прошло три года со времени действия Seikai no Monshou. Начавшаяся война между Человеческой Империей Ав и Объединённым Человечеством набирает обороты.

Красавица Май Токиха и её болезненный младший брат Такуми получают приглашение на учёбу в престижную частную школу Фука, причём администрация школы